Każda z jednostek prowadzi badania z zakresu języka, literatury, kultury i historii określonego obszaru językowego. Instytut Filologii Angielskiej koncentruje się na badaniach poświęconych językowi angielskiemu, językoznawstwu teoretycznemu i empirycznemu, translatoryce, glottodydaktyce oraz literaturze i kulturze krajów anglojęzycznych, ze szczególnym uwzględnieniem Wielkiej Brytanii oraz Stanów Zjednoczonych. Instytut Filologii Romańskiej skupia badaczki i badaczy z zakresu językoznawstwa, literatury i kultury krajów francusko-, hiszpańsko-, portugalsko- i włoskojęzycznych, a także dydaktyki języków romańskich oraz translatologii. Pracownicy Instytutu Filologii Słowiańskiej prowadzą badania języko- i literaturoznawcze w obrębie bohemistyki, kroatystyki, macedonistyki, serbistyki, ukrainistyki i rusycystyki. Instytut Studiów Klasycznych Śródziemnomorskich i Orientalnych kontynuuje tradycje latynistyki, hellenistyki i orientalistyki przedwojennego Uniwersytetu Jana Kazimierza we Lwowie, jak również prowadzi badania w zakresie wybranych języków europejskich i azjatyckich takich jak arabski, chiński, hindi, koreański, nowogrecki i włoski. Katedra Filologii Niderlandzkiej specjalizuje się w badaniach nad dawną literaturą niderlandzką, współczesną literaturą niderlandzką i afrikaans oraz językoznawstwem niderlandzkim. Katedra Judaistyki zaś skupia badaczki i badaczy o zainteresowaniach od historii społecznej chasydyzmu, przez badania kobiece i genderowe, literaturę jidysz i ladino, historię kulturalną XIX- i XX-wiecznych Żydów polskich, badania historii i pamięci po Zagładzie, aż po kulturę współczesnego Izraela.

Obecnie pracowniczki i pracownicy Wydziału realizują pięć międzynarodowych projektów badawczych finansowanych przez zagranicznych grantodawców (m.in. Unię Europejską oraz Rothschild Foundation Hanadiv Europe), jedenaście projektów finansowanych przez Narodowe Centrum Nauki, trzy projekty w ramach grantu Narodowego Programu Rozwoju Humanistyki, jeden ze środków Narodowej Agencji Wymiany Akademickiej oraz dwadzieścia projektów finansowanych z funduszy ministerialnych (IDUB, Doskonała Nauka). Szczegółowy wykaz wszystkich realizowanych grantów dostępny jest na stronie Wydziału w zakładce Nauka/Projekty badawcze.

Na Wydziale funkcjonuje Inkubator Doskonałości Naukowej „Slavicus”, który finansowany jest ze środków IDUB. Głównym celem działalności Centrum jest połączenie lingwistyki teoretycznej, obliczeniowej i eksperymentalnej w badaniach porównawczych nad językami słowiańskimi i bałtyckimi. Ponadto na Wydziale działają cztery centra badawcze. Centrum Badań Literatury dla Dzieci i Młodzieży prowadzi badania, w których literatura dziecięca i kultura dzieciństwa odgrywają kluczową rolę. Badacze skupieni w Centrum łączą różne perspektywy badawcze: historycznoliterackie, literacko-kulturowe, językoznawcze, recepcyjne, translacyjne, przekładoznawcze, księgoznawcze i medioznawcze ze studiami kulturowymi i badaniami kultury popularnej, studiami genderowymi, badaniami partycypacyjnymi, badaniami prowadzonymi przez dzieci oraz studiami nad pamięcią. Centrum Badań Kognitywnych nad Językiem i Komunikacją zajmuje się poznawczymi aspektami różnych sposobów porozumiewania się ludzi, a w szczególności kognitywnymi badaniami nad znaczeniem, gramatyką kognitywną, etnolingwistyką kognitywną, kognitywnymi badaniami nad dwujęzycznością, przyswajaniem języka drugiego i odziedziczonego, badaniami nad kognitywnymi aspektami komunikacji multimodalnej oraz kognitywnymi badaniami korpusowymi i statystycznymi. Centrum Transkulturowych Studiów Posttotalitarnych stanowi międzynarodową sieć badawczą, dążącą w perspektywie interdyscyplinarności i transkulturowej komparatystyki do horyzontalnego połączenia rozproszonej postimperialnej refleksji naukowej nad dyskursami posttotalitarnymi w kulturach i literaturach krajów Europy Środkowej i Wschodniej. Centrum Interdyscyplinarnych Badań Relacji między Kulturą Oralną i Piśmienniczą skupia filologów klasycznych, latynistów, hellenistów, historyków filozofii, językoznawców zgłębiających tematykę tradycji oralnej oraz literatury oralnej.

Ponadto na Wydziale Neofilologii działa aż czternaście studenckich i doktoranckich kół naukowych. Wszystkie z nich opisane są na stronie Wydziału w zakładce Studenci/Koła Naukowe.